根据国家文物局办公室关于公示考古发掘资质单位的通知，复旦大学荣获考古发掘资质。

复旦大学的考古学科建设建自1980年代初，以历史学系文博教研室开展文物博物馆学教学科研为起始，同时，物理二系也开展了文物保护、科技考古的教学与科研。复旦大学生命科学院的等单位也开始分子考古学等研究。现考古学一级学科的主要建设单位为文物与博物馆学系。该系也是国内创办时间最长、影响最大的文博教学与科研的高教机构之一。一级学科为考古学，专业方向有考古学、博物馆学、文化遗产学等。这三个相互关联、互为支撑的主要方向，能为考古与文化遗产提供包括发掘、研究、保护、展示传播的综合解决方案，是我校的独特优势。

2017年9月，复旦大学作为学校双一流重点建设平台的考古研究院正式挂牌成立，这也是考古学方向推进以科技考古为主要增长点的有力举措。